燕京大学是所教会学校，司徒雷登是位牧师，正是他在自己当校长期间提出了“使燕大彻底中国化”的发展方向，摆脱了教会办学狭隘的宗教范畴。他宣布宗教不再是必修课，师生不一定要去做礼拜。他认为“燕大必须是一所经得起任何考验的、真正意义上的大学，传授的真理应该是没有被歪曲过的。至于信仰什么或如何表达信仰，则完全是个人的私事”。这些制度都是1929年燕京大学在中国教育部注册前就提出来的。1929年以后，注册了的燕京大学，校长一定得是中国人，司徒雷登就作为教务长来保证“让老师尽可能自由地去从事他们的工作”。

彻底的中国化并不排斥现代教育的步伐，燕园里男女同校，与世界著名大学交换师生，学校里洋溢的不是宗教气息，而是世界主义的氛围。燕京大学能容纳各种学术流派，左倾教授黄卓在经济系开讲“社会主义”，他的学生就全都抢着去看马克思的《资本论》。

在这种办学方针下，京郊燕园的师生和城里北京大学的师生一样，始终紧随着中国社会的脉动。1934年在美国的司徒雷登接到火速返校的急电：燕大学生反对国民党政府对日不抵抗政策，开始罢课，与反对罢课的外籍教师严重对立。司徒雷登在上海下船时，第一句话就问燕大的学生到南京请愿了吗？得知他的学生罢课跑到了南京，才算放心。他说：“如果此次燕京学生没有参加请愿，那说明这些年来我的教育就完全失败了！”“九·一八”事变爆发，走在燕大游行队伍前最方带头喊“打倒日本帝国主义”的，正是杭州口音的司徒教务长。
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即使因为政治目的需要，那也不能牺牲一位如此深爱中国的司徒雷登先生！如果我是美国人，然后看到中国人是如此评价深爱中国的司徒雷登（司徒雷登49年回到美国后连买一支冰棍的钱都没有，因为他所有的收入都投入中国的教育事业，然后，毛的《别了，司徒雷登》文中却是这样描述司徒雷登的：”司徒雷登大使老爷却坐着不动，睁起眼睛看着，希望开设新店，捞一把“），我一定会觉得中国人是世界上最无耻的民族，因为这个民族是生活在巨大的谎言中。PRC=people‘s republic of cheating。